Topic outline
- General
- Topic 1
Topic 1
Aula 1 - 7 Abril
Teórica 1 - Genética Molecular - Conceitos fundamentais
Teórico Prático 1 - Aspectos básicos da pesquisa e tratamento de sequências
Leituras para aula teórica de 07 de Abril:
Conceitos básicos:
"The phylogenetic handbook" páginas 3 a 8
"Brock Biology of Microorganisms", 12ª edição, capítulo "Essentials of Molecular Biology"
Conceitos complementares:
- cDNA
-desenho de primers (PCR)
-organização/tamanho de genomas em procariontes e eucariontes
-transferencias genéticas em procariontes e eucariontes
Sugestão: "Brock Biology of Microorganisms", 12ª edição, capítulo "Principles of Bacterial Genetics" (ou equivalente)Materiais para aulas práticas TP1
Bibliografia Aula TP1
Bibliografia: The phylogenetic handbook" - Capítulo 2 (Secção II): "Sequence databases and database searching"
- Topic 2
Topic 2
Aula 2 - 14 Abril
Teórica 2- Evolução biológica e evolução molecular
Teórico Prático 2 - Construção de filogenias moleculares
Notas de Leitura - Capítulo: Vandamme, AM. 2009. Basic concepts of molecular evolution. In “The Phylogenetic Handbook”, Cambridge Univ Press
O capítulo introduz os temas que são abordados na parte restante do livro. Assim, os vários tópicos são abordados de forma muito resumida. Os pontos a que há que dar maior atenção procurando reter as ideias-chave são os seguintes:
1.1. Genetic information
- synonymous and non synonymous mutations (pg 7)
- recombination (pg 8)
- gene duplication (pg 8)1.2. Population dynamics
- polymorphisms (pg 9)
- heterozygous (pg 9)
- fixation rate (pg 9)
- positive selective pressure (pg 10)
- balancing selection (pg 10)
- efective population size (Ne) (pg 11)
- coalescent (pg 12)1.3. Evolution and speciation
- evolutionary forces affecting speciation (pg 15)
- allopatric and sympatric speciation (15)1.4. Data used for molecular phylogenetics
- homology (pg 17)
- orthologous and paralogous (pg 19)1.5. Phylogenetic trees
- monophyletic group vs paraphyletic group (pg 20)
- root and outgroup (pg 20)
Notas de Leitura - Capítulo: Descent with modification (Reading the story of DNA, L Bromham, 2008)Iniciar a leitura deste capítulo após a leitura do capítulo Vandamme (2009). Este capítulo tem três níveis de leitura. Um primeiro nível aborda temas de evolução focando o trabalho pioneiro de Darwin e importantes contribuições subsequentes (ler pg 138 – 145). É uma excelente fonte de cultura geral sobre evolução. Num segundo nível de leitura são focados aspectos da evolução à escala molecular, que incorporam muitos dos conhecimentos obtidos pós-Darwin. Deverá ser dada particular atenção à parte sobre "genetic drift" pgs 157-159. O terceiro nível de leitura (case studies e techboxes) refere-se a tópicos mais avançados sobre evolução molecular. Iremos abordar na Aula 3 o artigo referido no case study 5.1. (pgs 146 – 149).
Nota: ao imprimir não alterar a escala (page scaling: none)
Materiais para aulas práticas TP2
Nota: para a sessão prática TP2 é necessária a instalação prévia, no vosso computador pessoal que deverão trazer para a aula, do software para análise de evolução molecular MEGA7 (http://www.megasoftware.net/). Depois de escolher o sistema operativo apropriado (e.g. Windows), devem preencher os campos com o vosso primeiro e último nome e email. Depois ser-vos-á enviado um link para o endereço de email que devem seguir e prosseguir com a instalação.
- Topic 3
Topic 3
Aula 3 - 21 Abril
Teórica 3 - Os princípios das técnicas de sequenciação de genomas
Teórica 4 - Detectando selecção natural em sequências nucleotídicas
Notas de Leitura - Este artigo servirá de preparação à aula T3 onde serão discutidas as novas tecnologias de sequenciação. Antes de iniciar a leitura devem recordar os detalhes relacionados com a síntese de DNA pela DNA polimerase. Trataremos no âmbito desta disciplina em profundidade apenas as metodologias Roche 454 (pirosequenciação) e Illumina.
Notas de Leitura - Paper Shi and Zhang 2006 Mol Biol Evol. O paper que deverá ser estudado antes da aula T4 é referido no capítulo “Descent with modification” (Reading the story of DNA, L Bromham, 2008) na secção “case study 5.1" (pgs 146-149). Analisar detalhadamente essa secção bem como o artigo. Anotar todas as dúvidas para serem discutidas na aula de dia 21 de Março.
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Topic 4
Aula 5 - 5 Maio
Teórico Prático 3 - Análise de Genomas
Nota: para a sessão prática TP3 é necessária a instalação prévia, no vosso computador pessoal que deverão trazer para a aula, do software UGENE (http://ugene.net/).
Fazer download antes da aula.
Fazer download antes da aula.
Fazer download antes da aula.
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Topic 5
Aula 6 - 12 Maio
Teórico Prático 4 - Evolução de genomas: detecção de transferência horizontal
Nota: Confirmem p.f. que têm o software MEGA (v.6 ou v.7) instalado no vosso computador.
Material para aula TP4 - Advanced Topic 2
Bibliografia recomendada Aula TP4
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