No Report Generation Speed, dado que nos queremos permitir a resubmissão durante do tempo aceite e não mostrar os relatórios aos alunos, poderemos usar “Generate reports on due date (resubmissions are allowed until due date)” ou tem alguma desvantagem?

Não tem desvantagem nenhuma. Depende da forma como pretende dinamizar o trabalho. Uma opção se quiser ter mais controle é não disponibilizar o relatório para os alunos, descarregar manualmente e se pretender disponibilizar ou não. Inclusive tem as 2 opções ou seja se envia automaticamente o relatório e depois analisado permite o reenvio do trabalho por parte dos alunos dentro do prazo limite (tem de colocar essa opção na configuração do trabalho), ou se "guarda" o relatório e só o envia depois do prazo terminar, não dando opção de reformulação após o recebimento do relatório. Como disse depende da forma como pretende utilizar o trabalho.

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